施琅虽然指挥的战舰不算多，只有二十艘，而扬州水师，还有凤阳府的水师加一起有三、四十艘战舰，加上由大型商船临时改装的，至少七，八十艘战舰。
但施琅外号海霹雳，是出了名打仗不要命，再加上火炮营的炮火支援，一支战舰上至少有二十门火炮，火力是具有压倒性的优势。
舰队一路行过，犹如秋风扫落叶。
在江阴长江口，击溃了埋伏在江口，准备趁机突袭北上玄甲军的二十艘凤阳水师，击沉十三艘，俘获战舰七艘。
顺江西进，在扬州城下，又击溃了整军备战的二十五艘扬州水师的战舰，击沉二十艘，俘获五艘。
到了扬州城下，又沿着大运河北上，在高邮附近，击溃了凤阳水师、扬州水师联军的三十艘战舰，击沉二十二艘，俘获八艘。
施琅一路打过了高邮卫，将大运河上的无论石桥，还是木桥全拆了，民船片甲不得出港，否则予以击沉。
直到大运河上再无战舰的影子，施琅又挥军南下，直趋扬州城下，驻守在镇江府的京口。京口是长江和京杭大运河交汇点，切断了京口，就是切断了长江、京杭大运河的航线，任何来自水上的援军，都不可能抵达扬州城。
朱慈焕、景杰则率领玄甲军的精锐骑兵五千，步兵五千，直接由江阴县越长江登陆，三日攻灭仪真卫，五日即抵达扬州城外的扬州卫。
马士英见运河水道已断，玄甲军又逼近了扬州城，正在攻打扬州卫的一万军士再不撤退，便有全军覆没的危险，立刻下令解了扬州卫之围，往西北急撤。
因为水师战舰全被施琅歼灭，大运河上的桥也全被拆了，只能强抢民船，连夜搭成了一座浮桥，全撤回了凤阳府。
刘泽清本就是个典型的墙头草，有好处就冲，没好处就闪的主儿。他在朱慈焕发布檄文之后，便知大势已去，自淮安府南下的两万大军立刻撤回了淮安府，再经淮安府北上，返回了青州府。
至此，扬州叛乱所有的援军都已撤走，扬州城已成一座孤立无援的孤城。北征的一万玄甲军、扬州卫的一千军士汇合，直接开到了扬州城下。
知府马鸣禄等人关闭了扬州城城门，开始派出使者与朱慈焕进行谈判，要求朱慈焕下令赦免叛乱的诸官吏死罪，责令辞官回乡，否则就和城里的被围困的方原同归于尽、玉石俱焚。
朱慈焕再次重申了投降的条件，就是主犯马鸣禄，扬州卫、高邮卫、仪真卫三卫指挥使必须斩首示众，但赦家眷无罪；从犯可以以银子赎罪。但前提只有一个，方原必须平安无事，否则，无论主犯、从犯尽皆灭九族，一个不赦。
扬州城里诸官吏闭门商议了一整天，虽然马鸣禄还想着再周旋几日，争取到更宽厚的投降条件，以期保命。但其他以扬州同知曲从直为首，在保命范围的官吏，还有卫所的千户却不愿再夜长梦多，直接将知府马鸣禄，三卫指挥使尽数扣押。
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