可是于家军似乎根本就没把他们放在眼里，三月二十八，于家军主力兵抵通州城南，接着于家军将炮兵直接摆在了通州城外三里之外，把百余门大炮对准了通州城外的官军连营。
守将刘光祚奉刘宇亮之命，率领三千通州守军试图反击于家军，但是一出大营就直接遭到了于家军大炮猛轰，其军登时大散，刘光祚也中炮身亡。
刘宇亮不敢再遣将迎战，只得下令龟缩入营中据守，但是随即第二天便遭到了于家军排炮猛击。
城外过万的官军在于家军猛烈炮击之下，只坚守了一天时间，入夜于家军突袭大营，城外守军登时大溃，天亮之际通州城外官军防地全部易手，整个通州城被于家军围了个水泄不通。
而城外官军一夜之间，一万多人跑掉了过半，剩下的也大部被俘，随即被于家军征用，以戴罪立功之命，令这些俘兵重新武装起来，在于家军的监视之下对通州城发动了猛攻。
这些被俘官军无奈之下，后背有大批于家军督战，不得不卖命猛攻通州城，刘宇亮惊慌失措，下令放炮还击。
激战半天下来，攻城俘兵伤亡不小，被迫撤下休整半日，又一天天亮之际，俘兵再一次在于家军攻城重炮的掩护之下，对通州又一次发动了进攻。
在于家军重炮轰击之下，通州城防宣告崩溃，于家军派人射入城中一批劝降信，劝城内数千守军立即弃械投降，并且确保不得破坏城内储存的粮食物资，否则的话攻入城中定斩不饶。
另外劝降信之中，要求城内守军立即将刘宇亮拿下，献城投降，于家军可确保不杀一人，可善待这些降兵。
于是眼看着通州城无法守住，城内一个牛姓千总，一咬牙，突然间率领手下兵卒暴起，将刘宇亮亲随斩杀数十人，当场将刘宇亮拿下，绳捆索绑打开了通州城东门，向于家军献降。
刘宇亮虽然有所准备，但是还是没有能防住手下这么干，发现事情不妙，想要逃走已经晚矣，眼看着就要被生擒活捉，刘宇亮试图投水自尽，但是却被叛军跳入水中救捞起来，结果被送入了于家军大营之中。
于家军仅用了四天时间，便攻克了通州城，将整个通州城控制在了手中，而通州城之中的粮仓，因为有于家军提前发出威胁，城内守军虽然受命城破之际放火烧毁这些物资，但是最终于家军入城，这些守军也没敢放火，所以最终城内囤积的十几万石粮秣，也尽数落在了于家军手中。
同时在通州城内囤积的还有大量的棉布棉花，以及骡马车辆还有大约五万多两库银，也尽数落在了于孝天手中。
通州之战，于家军打的又狠又快，而且还临阵使用了大批俘兵助攻，临阵斩杀了不少不肯从命的俘兵军将，展现出了于孝天狠辣的一面，战后于孝天下令，将俘兵之中所有军官，尽数和他们手下兵卒隔离，其中在军中民愤极大的几个千总、守备以及游击等军将，则就地处斩，其余的官兵，部分老弱就地裁撤，每个人发给粮食二十斤，银子一两，就地遣散令其返乡。
至于剩下的六千官军战俘，则采用老办法，直接就地改编，以于家军的兵将取代原来军中军官，将其就地整编为五个步兵营，令其镇守通州城，另外从第九旅之中，抽一个步兵营作为主力，驻守通州城，一方面负责监控这五个新编营，另外也担负起防卫通州的主要任务。
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